Si può arrivare alle Isole Tremiti via mare, con una delle compagnie marittime che collegano la terra ferma all'arcipelago. Il porto in cui sono garantite le partenze tutto l'anno (condizioni meteo marine permettendo) è quello di Termoli.

In elicottero è in funzione un servizio giornaliero che parte dall'areoporto di Foggia (circa 20 minuti di volo).

Alle Isole Tremiti non è consentita la circolazione di autoveicoli e motocicli sprovvisti di apposita autorizzazione del comune.

Poichè le autorizzazioni vengono rilasciate solo ai residenti o ad automezzi per funzioni lavorative, i veicoli dei turisti devono rimanere in terra ferma, nei porti di partenza sono presenti diverse possibilità di parcheggio.