l’isola di Capraia (o Caprara o Capperaia) è la seconda per estensione dell’arcipelago delle Tremiti: si sviluppa su una superficie complessiva di circa 45 ha, per una lunghezza di 1.600 metri, una larghezza di 610 mt. e con uno sviluppo costiero di 4.700 metri. Capraia è disabitata e prevalentemente rocciosa, con rada vegetazione e macchia di lentisco e capperi  da cui deriva il suo nome. La parte di costa rivolta verso nord è alta, mentre il versante sud degrada dolcemente verso il mare. All'estremità nord-est si protende la sottile penisola di Punta Secca sul cui istmo sorge il famoso faro. Sulla costa ovest si trovano due suggestive cale, la Cala Sorrentina , la Cala dei Turchi, dove si rifugiarono le galee ottomane nell'assalto che fecero nell'agosto del 1567, Cala Pietre di Fucile.
Lungo la costa, caratterizzata da rocce granitiche dai colori più variegati, si incontrano caratteristici archi in roccia, detti "architielli".

Nel mare presso l'isola Capraia è sommersa dal 1998, alla profondità di circa 14 metri, una statua di Padre Pio alta circa 3 metri, considerata la più grande del mondo. La statua venne creata dallo scultore foggiano Domenico Norcia.

​La flora, che si trova principalmente nella parte centrale dell'isola, è composta principalmente da piante di cappero (le quali danno il nome Capperaia all'isola), da cespugli di lentisco, da cardi e da ginepri.